COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 14.393832 14.393832 12.745113
2021-05-01 17:00:00 11.098176 11.098176 12.751706
2021-04-30 17:00:00 12.734763 12.734763 12.887323
2021-04-29 17:00:00 12.298707 12.298707 13.010391
2021-04-28 17:00:00 12.391568 12.391568 13.099604
2021-04-27 17:00:00 10.507393 10.507393 13.260406
2021-04-26 17:00:00 15.321249 15.321249 13.520681

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 15.014164 9.295528 9.315753
2021-05-01 17:00:00 10.600375 7.457786 9.221541
2021-04-30 17:00:00 9.151515 9.151515 9.235054
2021-04-29 17:00:00 11.524823 11.524823 9.450775
2021-04-28 17:00:00 9.757442 9.757442 9.495207
2021-04-27 17:00:00 4.684789 9.427415 9.616589
2021-04-26 17:00:00 10.874439 9.557732 9.541175

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 22.383721 23.007623 23.595975
2021-05-01 17:00:00 28.674352 28.674352 23.309548
2021-04-30 17:00:00 26.219512 26.219512 23.111896
2021-04-29 17:00:00 23.024523 23.024523 22.949251
2021-04-28 17:00:00 22.341697 22.341697 22.735098
2021-04-27 17:00:00 12.693935 23.836389 22.409490
2021-04-26 17:00:00 5.549390 18.423973 22.224435

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 14.689266 8.686409 11.832038
2021-05-01 17:00:00 10.439901 10.439901 12.214929
2021-04-30 17:00:00 11.539560 11.539560 12.365211
2021-04-29 17:00:00 12.643678 12.643678 12.517661
2021-04-28 17:00:00 13.941627 13.941627 12.632072
2021-04-27 17:00:00 12.332440 12.332440 12.804423
2021-04-26 17:00:00 11.419753 13.140684 12.978305

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 12.656806 17.309493 12.154080
2021-05-01 17:00:00 10.467551 10.467551 12.022804
2021-04-30 17:00:00 12.389843 12.389843 11.999925
2021-04-29 17:00:00 12.007981 12.007981 11.909922
2021-04-28 17:00:00 10.473107 10.473107 11.900677
2021-04-27 17:00:00 11.267798 11.267798 11.994697
2021-04-26 17:00:00 17.180381 12.345883 12.032531

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 36.398467 36.398467 27.728991
2021-05-01 17:00:00 20.284544 20.284544 27.698595
2021-04-30 17:00:00 34.615385 27.683697 27.957132
2021-04-29 17:00:00 20.936698 27.554180 28.104590
2021-04-28 17:00:00 16.508100 24.800720 27.637013
2021-04-27 17:00:00 23.136000 30.400000 27.682121
2021-04-26 17:00:00 35.670732 35.670732 28.033382

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 2.988792 2.988792 6.618653
2021-05-01 17:00:00 6.456283 6.456283 6.904097
2021-04-30 17:00:00 11.238293 11.238293 7.180451
2021-04-29 17:00:00 5.109139 5.109139 7.523870
2021-04-28 17:00:00 inf NaN 7.960160
2021-04-27 17:00:00 9.226190 9.226190 8.431017
2021-04-26 17:00:00 9.099181 9.099181 8.765392

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 11.804142 5.396678 5.783122
2021-05-01 17:00:00 5.720861 5.720861 5.845068
2021-04-30 17:00:00 6.330437 6.330437 5.919482
2021-04-29 17:00:00 5.380050 6.122338 5.995597
2021-04-28 17:00:00 5.860607 5.860607 6.049053
2021-04-27 17:00:00 5.114658 5.114658 6.039476
2021-04-26 17:00:00 12.294350 5.260860 6.033323

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 12.617114 12.617114 11.322722
2021-05-01 17:00:00 9.525881 9.525881 11.385270
2021-04-30 17:00:00 12.843183 12.843183 11.549937
2021-04-29 17:00:00 11.644101 11.644101 11.629814
2021-04-28 17:00:00 12.453532 12.453532 11.713028
2021-04-27 17:00:00 9.418403 9.418403 11.812240
2021-04-26 17:00:00 16.260163 9.157509 11.959279

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 11.111111 11.111111 12.515625
2021-05-01 17:00:00 10.743885 10.743885 12.701430
2021-04-30 17:00:00 11.802335 11.802335 12.924020
2021-04-29 17:00:00 13.010607 13.010607 13.150429
2021-04-28 17:00:00 13.163001 13.163001 13.322987
2021-04-27 17:00:00 10.014631 15.647403 13.414755
2021-04-26 17:00:00 11.082867 14.000397 13.788959

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 13.552361 11.966545 11.598594
2021-05-01 17:00:00 8.797554 8.797554 11.680418
2021-04-30 17:00:00 14.102564 14.102564 11.854011
2021-04-29 17:00:00 12.193191 12.193191 11.984358
2021-04-28 17:00:00 11.418816 11.418816 12.013088
2021-04-27 17:00:00 10.674964 10.674964 12.077213
2021-04-26 17:00:00 16.803279 12.250712 12.164316

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 6.167401 6.167401 5.183607
2021-05-01 17:00:00 5.317324 5.317324 5.375670
2021-04-30 17:00:00 5.131579 5.131579 5.252504
2021-04-29 17:00:00 7.047619 7.047619 5.518671
2021-04-28 17:00:00 2.790698 5.221932 5.482649
2021-04-27 17:00:00 0.967742 0.967742 5.430778
2021-04-26 17:00:00 4.747774 4.747774 5.403968

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 3.559071 3.559071 5.899862
2021-05-01 17:00:00 47.202797 24.475524 5.952579
2021-04-30 17:00:00 6.615385 6.615385 5.967400
2021-04-29 17:00:00 6.118881 6.118881 6.083822
2021-04-28 17:00:00 4.837431 4.837431 6.068221
2021-04-27 17:00:00 3.067093 3.973510 5.994647
2021-04-26 17:00:00 1.626016 5.812473 5.771030

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 16.666667 36.622807 32.074520
2021-05-01 17:00:00 20.365535 20.365535 31.809183
2021-04-30 17:00:00 34.519573 34.519573 32.140277
2021-04-29 17:00:00 37.634409 37.634409 32.798745
2021-04-28 17:00:00 42.272727 42.272727 33.715911
2021-04-27 17:00:00 31.560284 31.560284 33.806407
2021-04-26 17:00:00 15.533981 35.010060 34.103954

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 23.214286 11.468714 14.538976
2021-05-01 17:00:00 11.600684 11.600684 14.539394
2021-04-30 17:00:00 15.334517 15.334517 14.834053
2021-04-29 17:00:00 16.620669 16.620669 15.288931
2021-04-28 17:00:00 18.799493 18.799493 15.534394
2021-04-27 17:00:00 11.251687 11.251687 15.692050
2021-04-26 17:00:00 19.825480 15.726742 15.675499

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 72.192513 24.880971 34.384173
2021-05-01 17:00:00 42.529168 42.529168 34.571802
2021-04-30 17:00:00 35.612083 35.612083 35.809262
2021-04-29 17:00:00 38.212831 38.212831 36.767235
2021-04-28 17:00:00 32.871795 32.871795 37.365312
2021-04-27 17:00:00 23.208791 23.208791 37.749636
2021-04-26 17:00:00 17.427841 43.533065 37.289076

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 4.265566 4.265566 6.479378
2021-05-01 17:00:00 5.430933 5.430933 6.657512
2021-04-30 17:00:00 8.645432 8.645432 6.838883
2021-04-29 17:00:00 6.418605 6.418605 7.055584
2021-04-28 17:00:00 8.291457 8.291457 7.311152
2021-04-27 17:00:00 6.222639 6.222639 7.510056
2021-04-26 17:00:00 7.640068 4.382405 7.746052

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 14.577039 11.353211 10.952337
2021-05-01 17:00:00 10.862481 10.862481 11.051340
2021-04-30 17:00:00 10.176102 10.176102 11.026752
2021-04-29 17:00:00 10.397883 10.397883 11.150922
2021-04-28 17:00:00 10.914356 10.914356 11.306524
2021-04-27 17:00:00 9.838811 9.838811 11.427566
2021-04-26 17:00:00 13.981167 13.981167 11.653256

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 12.760007 12.760007 10.210408
2021-05-01 17:00:00 8.780536 8.780536 10.231700
2021-04-30 17:00:00 9.214150 9.214150 10.286688
2021-04-29 17:00:00 9.918914 9.918914 10.395092
2021-04-28 17:00:00 9.746835 9.746835 10.489084
2021-04-27 17:00:00 8.161351 13.852408 10.506271
2021-04-26 17:00:00 17.300469 8.752969 10.510804

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 27.777778 7.678677 11.065709
2021-05-01 17:00:00 8.743169 8.743169 11.332337
2021-04-30 17:00:00 14.598540 14.598540 11.846527
2021-04-29 17:00:00 21.534937 12.027491 12.126332
2021-04-28 17:00:00 11.251435 11.251435 12.446193
2021-04-27 17:00:00 9.846154 9.846154 12.659423
2021-04-26 17:00:00 21.739130 13.018868 12.994005

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 21.100917 11.917098 24.734734
2021-05-01 17:00:00 18.296530 31.693989 25.289676
2021-04-30 17:00:00 22.018349 22.018349 25.764995
2021-04-29 17:00:00 30.049261 30.049261 25.985699
2021-04-28 17:00:00 20.218579 20.218579 26.580208
2021-04-27 17:00:00 19.230769 19.230769 26.237049
2021-04-26 17:00:00 76.811594 76.811594 27.396991

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-02 17:00:00 13.260782 21.374445 22.936332
2021-05-01 17:00:00 20.342755 20.342755 23.266431
2021-04-30 17:00:00 20.138002 20.138002 23.668247
2021-04-29 17:00:00 24.993317 24.993317 23.922749
2021-04-28 17:00:00 24.503817 24.503817 24.478616
2021-04-27 17:00:00 21.131323 21.131323 24.567541
2021-04-26 17:00:00 19.822156 34.160800 25.191457

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 15.014164 9.295528 9.315753
Basilicata 22.383721 23.007623 23.595975
Calabria 14.689266 8.686409 11.832038
Campania 12.656806 17.309493 12.154080
Emilia-Romagna 36.398467 36.398467 27.728991
Friuli Venezia Giulia 2.988792 2.988792 6.618653
Lazio 11.804142 5.396678 5.783122
Liguria 12.617114 12.617114 11.322722
Lombardia 11.111111 11.111111 12.515625
Marche 13.552361 11.966545 11.598594
Molise 6.167401 6.167401 5.183607
P.A. Bolzano 3.559071 3.559071 5.899862
P.A. Trento 16.666667 36.622807 32.074520
Piemonte 23.214286 11.468714 14.538976
Puglia 72.192513 24.880971 34.384173
Sardegna 4.265566 4.265566 6.479378
Sicilia 14.577039 11.353211 10.952337
Toscana 12.760007 12.760007 10.210408
Umbria 27.777778 7.678677 11.065709
Valle d'Aosta 21.100917 11.917098 24.734734
Veneto 13.260782 21.374445 22.936332

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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